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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
22/04/2010 |
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Data da última atualização: |
12/08/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PEIXOTO, M. G. C. D.; MARTINEZ, M. L.; TEODORO, R. L.; MACHADO, M. A.; CARVALHO, M. R. S.; GOMES, F. C.; VERNEQUE, R. da S. |
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Afiliação: |
MARIA GABRIELA CAMPOLINA D PEIXOTO, CNPGL; MÁRIO LUIZ MARTINEZ; ROBERTO LUIZ TEODORO, Pesquisador aposentado do CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; M. R. S. CARVALHO, UFMG; FABIANO CARVALHO GOMES, GRAMBERY; RUI DA SILVA VERNEQUE, CNPGL. |
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Título: |
Detecção de QTL, em dados de famílias estruturadas como as de um núcleo MOET por meio do método da regressão. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 61, n. 4, p. 941-948, 2009. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1590/S0102-09352009000400024 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
RESUMO - O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método de regressão em detectar QTL com base na utilização de dados da estrutura de família (irmãos completos e meios-irmãos), como aqueles gerados em um núcleo MOET. Foram simulados dados fenotípicos e genotípicos em uma estrutura de núcleo MOET fechado de seleção. Três arquivos foram analisados, contendo: a) informações conjuntas de irmãos completos e meios-irmãos; b) apenas informações de irmãos completos e c) apenas informações de meios-irmãos. Verificou-se que o método da regressão, para dados discretos ou contínuos, foi capaz de detectar associações entre marcador e QTL em níveis bastante expressivos de significância (P<0.001 e P<0,0001), quando se utilizou o arquivo que continha informações conjuntas de irmãos completos e meios-irmãos. Os resultados indicaram a possibilidade de utilização dessa metodologia para estudos de detecção/validação de QTL em rebanhos ou núcleos de seleção que utilizam MOET. ABSTRACT - The objective of this study was to evaluate the efficiency of the regression method to detect QTL using data from full and half-sib families, like those generated in a MOET nucleus. For this study, genotypic and phenotypic data were simulated in a structure of a closed selection MOET nucleus. Three files were analyzed containing: a) the joint information of full and half sibs; b) only full sibs data; and c) only half sibs data. The method of regression, for continuous or discrete data, was able to detect associations of marker and QTL in very expressive levels of significance (P<0.001 P<0.0001), when the file containing the joint information of full and half sisters was used. The results indicated the possibility of using this methodology for studies of QTL detection / validation in MOET nucleus or herds under selection. MenosRESUMO - O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método de regressão em detectar QTL com base na utilização de dados da estrutura de família (irmãos completos e meios-irmãos), como aqueles gerados em um núcleo MOET. Foram simulados dados fenotípicos e genotípicos em uma estrutura de núcleo MOET fechado de seleção. Três arquivos foram analisados, contendo: a) informações conjuntas de irmãos completos e meios-irmãos; b) apenas informações de irmãos completos e c) apenas informações de meios-irmãos. Verificou-se que o método da regressão, para dados discretos ou contínuos, foi capaz de detectar associações entre marcador e QTL em níveis bastante expressivos de significância (P<0.001 e P<0,0001), quando se utilizou o arquivo que continha informações conjuntas de irmãos completos e meios-irmãos. Os resultados indicaram a possibilidade de utilização dessa metodologia para estudos de detecção/validação de QTL em rebanhos ou núcleos de seleção que utilizam MOET. ABSTRACT - The objective of this study was to evaluate the efficiency of the regression method to detect QTL using data from full and half-sib families, like those generated in a MOET nucleus. For this study, genotypic and phenotypic data were simulated in a structure of a closed selection MOET nucleus. Three files were analyzed containing: a) the joint information of full and half sibs; b) only full sibs data; and c) only half sibs data. The method of regression, for continuous or discrete data, was able to de... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Estrutura de família; Poder de detecção. |
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Thesagro: |
Marcador Molecular. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/697280/1/Deteccao-de-QTL-em-dados-de-familias-estruturadas-como-as-de-um-nucleo-MOET.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Uva e Vinho. |
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Data corrente: |
14/03/2024 |
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Data da última atualização: |
14/03/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 4 |
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Autoria: |
FAJARDO, T. V. M.; GRYNBERG, P.; TOGAWA, R. C.; SILVA, J. M. F.; SILVA, F. N. da; NICKEL, O. |
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Afiliação: |
THOR VINICIUS MARTINS FAJARDO, CNPUV; PRISCILA GRYNBERG, Cenargen; ROBERTO COITI TOGAWA, Cenargen; JOÃO MARCOS FAGUNDES SILVA, INSTITUTE FOR INTEGRATIVE SYSTEMS BIOLOGY; FABIO NASCIMENTO DA SILVA, UNIVERSIDADE DO ESTADO DE SANTA CATARINA; OSMAR NICKEL, CNPUV. |
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Título: |
Analyzes of mealybug (Pseudococcus longispinus) virome reveal grapevine viruses diversity. |
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Ano de publicação: |
2024 |
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Fonte/Imprenta: |
Tropical Plant Pathology, [online], March 2024. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s40858-024-00647-3 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The long-tailed mealybug, Pseudococcus longispinus, is an important insect pest in grapevine growing areas in several countries, including Brazil. Metagenomic analysis of nucleic acids extracted from insect vectors makes it possible to study the diversity of insect viruses in addition to plant pathogenic viruses. In this study, insects (Ps. longispinus) were collected, and pooled throughout a plot of virus disease symptomatic vines, cultivated in growing beds, and analyzed by high throughput sequencing (HTS). The complete genome of grapevine leafroll-associated virus 2 and 3 (GLRaV-2 and -3) and a partial sequence of grapevine virus A (GVA) with two complete ORFs (coat protein and RNA-binding protein) were assembled from mealybug extracts and exhibited high nucleotide identities, up to 99%, with previously characterized homologous Brazilian isolates from grapevines. This information was validated by the detection of these viruses in the original symptomatic vines (N=76), from where mealybugs were collected, equivalent to an incidence of 34.2%, 89.5% and 36.8% for GLRaV-2, GLRaV-3 and GVA, respectively. Although one of these viruses is not transmitted by mealybugs (GLRaV-2), prospective of plant viruses infecting grapevine plants by analyzing the metagenome of insects could represent a relevant alternative to improve monitoring of viral diseases aiming at the management and control of viral diseases in vineyards or cultivation fields. This work is the first analysis of the Ps. longispinus virome in Brazil focusing on grapevine viruses. MenosThe long-tailed mealybug, Pseudococcus longispinus, is an important insect pest in grapevine growing areas in several countries, including Brazil. Metagenomic analysis of nucleic acids extracted from insect vectors makes it possible to study the diversity of insect viruses in addition to plant pathogenic viruses. In this study, insects (Ps. longispinus) were collected, and pooled throughout a plot of virus disease symptomatic vines, cultivated in growing beds, and analyzed by high throughput sequencing (HTS). The complete genome of grapevine leafroll-associated virus 2 and 3 (GLRaV-2 and -3) and a partial sequence of grapevine virus A (GVA) with two complete ORFs (coat protein and RNA-binding protein) were assembled from mealybug extracts and exhibited high nucleotide identities, up to 99%, with previously characterized homologous Brazilian isolates from grapevines. This information was validated by the detection of these viruses in the original symptomatic vines (N=76), from where mealybugs were collected, equivalent to an incidence of 34.2%, 89.5% and 36.8% for GLRaV-2, GLRaV-3 and GVA, respectively. Although one of these viruses is not transmitted by mealybugs (GLRaV-2), prospective of plant viruses infecting grapevine plants by analyzing the metagenome of insects could represent a relevant alternative to improve monitoring of viral diseases aiming at the management and control of viral diseases in vineyards or cultivation fields. This work is the first analysis of the Ps... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
High throughput sequencing; Vector. |
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Thesaurus NAL: |
Ampelovirus; Closterovirus; Vitivirus. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1162846/1/s40858-024-00647-3.pdf
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Marc: |
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520 $aThe long-tailed mealybug, Pseudococcus longispinus, is an important insect pest in grapevine growing areas in several countries, including Brazil. Metagenomic analysis of nucleic acids extracted from insect vectors makes it possible to study the diversity of insect viruses in addition to plant pathogenic viruses. In this study, insects (Ps. longispinus) were collected, and pooled throughout a plot of virus disease symptomatic vines, cultivated in growing beds, and analyzed by high throughput sequencing (HTS). The complete genome of grapevine leafroll-associated virus 2 and 3 (GLRaV-2 and -3) and a partial sequence of grapevine virus A (GVA) with two complete ORFs (coat protein and RNA-binding protein) were assembled from mealybug extracts and exhibited high nucleotide identities, up to 99%, with previously characterized homologous Brazilian isolates from grapevines. This information was validated by the detection of these viruses in the original symptomatic vines (N=76), from where mealybugs were collected, equivalent to an incidence of 34.2%, 89.5% and 36.8% for GLRaV-2, GLRaV-3 and GVA, respectively. Although one of these viruses is not transmitted by mealybugs (GLRaV-2), prospective of plant viruses infecting grapevine plants by analyzing the metagenome of insects could represent a relevant alternative to improve monitoring of viral diseases aiming at the management and control of viral diseases in vineyards or cultivation fields. This work is the first analysis of the Ps. longispinus virome in Brazil focusing on grapevine viruses.
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653 $aVector
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773 $tTropical Plant Pathology, [online], March 2024.
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Registro original: |
Embrapa Uva e Vinho (CNPUV) |
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